Engelbert Kaempfer wurde am 16. September 1651 als Sohn des Pastors Johannes Kemper und seiner Ehefrau Christine Drepper in Lemgo geboren. Er besuchte Lateinschulen und Gymnasien in Hameln, Lüneburg, Lübeck, Danzig und Thorn. Er studierte an den Universitäten Krakau und Königsberg (Sprachen, Medizin, Naturkunde).
1681 ging Kaempfer nach Schweden (Uppsala). Er wurde zum Sekretär der schwedischen Gesandtschaft ernannt, die im Auftrage Karls Xl. Handelsbeziehungen mit Russland und Persien anknüpfen sollte. Über Russland reiste er nach Persien. 1684 trat er dort als Arzt in den Dienst der holländischen Vereinigten Ostindischen Compagnie (VOC). Indien, Java und Siam waren weitere Stationen seiner Reise. Im Jahre 1690 übernahm er die Stelle des Arztes auf der Insel Deshima, Sitz der Faktorei der VOC in Japan. Den Höhepunkt seines zweijährigen Aufenthaltes in Japan bildete die Teilnahme an zwei Gesandtschaftsreisen nach Edo zum Hof des regierenden Shogun. Am 31. Oktober 1692 verließ Kaempfer Deshima mit dem Ziel Batavia. 1693 erreichte er Amsterdam. Er immatrikulierte sich an der Universität Leiden und schloss seine Dissertation ab.
1694 kehrte er nach Lemgo zurück. Kaempfer wurde Leibarzt des Grafen Friedrich Adolf zur Lippe und unterhielt auf dem Steinhof in Lieme eine eigene Praxis. Im Jahre 1700 heiratete er die 16jährige Maria Sophia Wilstach. Die Ehe war unglücklich. Kaempfer starb am 2. November 1716.
Durch seinen Tod blieb das große Lebenswerk Fragment. Sein Nachlass wurde von dem Sammler und Schriftsteller Sir Hans Sloane angekauft. Der Nachlass befindet sich heute im Britischen Museum bzw. der British Library in London. In Lemgo selbst sind im 20. Jahrhundert Erstausgaben der Werke Kaempfers erworben worden. Von den Exponaten seiner Sammlung ist in Lemgo nichts verblieben.