Im September 2004 wurde das Museum Junkerhaus eröffnet. Vorausgegangen war eine umfassende Instandsetzungs- und Restaurierungsmaßnahme des Junkerhauses, die von der Nordrhein-Westfalen-Stiftung in enger Kooperation mit dem Verein Alt Lemgo und der Stadt Lemgo finanziert wurde.
Hinter dem Junkerhaus ist nach einem Entwurf des Architekten Reinhard Schwakenberg (Lemgo) ein neues Museumsgebäude entstanden, mit Foyer, technischen Räumen und der Ausstellungshalle. Gefördert wurde der Neubau durch den Landschaftsverband Westfalen-Lippe. Das Museumsgebäude ist durch einen Glasgang mit dem Junkerhaus verbunden.
Das Gartengrundstück wurde nach dem Entwurf der Landschaftsarchitektin Ina Bimberg (Iserlohn) neu gestaltet. Bewußt wurde auf die Rekonstruktion der früheren Gartenanlage verzichtet. Sie ist nur unzureichend dokumentiert. Einzige Reminiszenz an die Gartengestaltung von Karl Junker ist ein kleines Beet, das von einem Steg überquert wird und an den ehemaligen kleinen Teich mit Zugbrücke erinnern soll.