Zu seinen Lebzeiten fand das künstlerische Werk Karl Junkers kaum Beachtung. Nur kurze Zeit bemühte er sich selbst um Anerkennung, indem er sich an Ausstellungen und Wettbewerben beteiligte. Wohl nur der Galerist Herbert von Garvens aus Hannover interessierte sich für sein Werk.
Im April/Mai 1914, ein Jahr nach seinem Tod, zeigte eine Ausstellung der „Neuen Sezession“ in Berlin über 50 Gemälde, Aquarelle, Entwürfe und Holzreliefs Karl Junkers. Die Initiative ging auf den Galeristen Herbert von Garvens zurück. Doch dieser Versuch schlug fehl. Über Jahrzehnte blieb das malerische und bildhauerische Werk von Karl Junker unbekannt. Gegenstand der Beachtung blieb allein das Junkerhaus, über dessen Entstehen sich bald Legenden rankten.
Unter dem Einfluss von Hans Prinzhorn, Psychiater und Kunstwissenschaftler („Bildnerei der Geisteskranken“, 1922), wurde Junker in den späten 1920er Jahren von der Psychiatrie „entdeckt“ und sein künstlerisches Werk als das eines Nicht-Normalen gedeutet. 1978 machte der Kölner Kunstpsychologe Wilhelm Salber mit einer Ausstellung im „Kölnischen Kunstverein“ und einer Veröffentlichung den Versuch der Rehabilitation des Künstlers Karl Junker.
Das Junkerhaus befand sich nach Karl Junkers Tod im Besitz von Verwandten. Seit den 1920er Jahren war es für Besucher/innen zugänglich. Seit 1962 ist das Junkerhaus im Besitz der Stadt Lemgo.
Seit Mitte der 1990er Jahre findet das Werk von Karl Junker im Kontext der Outsider Art internationale Beachtung, wie Beiträge des amerikanischen Kunstwissenschaftlers John MacGregor und des englischen Kunstwissenschaftlers Prof. Roger Cardinal verdeutlichen.
Werke von Karl Junker sind in zahlreichen Ausstellungen gezeigt worden: Kölnischer Kunstverein (1978), Kunstforum Wien (1997), Kunsthalle Bielefeld (1998/99), Museum De Stadshof Zwolle (1998/99), Kunststätte Bossard (2007), Slowakische Nationalgalerie Bratislava (2007), Schirn Kunsthalle Frankfurt (2010/2011) und MARTa Herford (2008/2009).