Einen Schwerpunkt des künstlerischen Nachlasses bilden Gemälde auf Holz oder Leinwand. Es handelt sich dabei um Themen der christlichen und mythologischen Ikonographie sowie um Landschafts- und Architekturdarstellungen, die einen engen Bezug zu Junkers Heimat widerspiegeln. Eine Reihe von Porträts und Personendarstellungen runden das malerische Oeuvre Junkers ab. Bei einer Vielzahl seiner Gemälde bilden Bild und Rahmen eine künstlerische Einheit. In dem Junker eigenen Stil sind die Holzrahmen beschnitzt und farbig gefasst.