Ein großer Teil der Zeichnungen sowie ein Skizzenheft und ein Skizzenbuch sind auf der Italienreise entstanden. Darüber hinaus ist eine Reihe von Naturstudien überliefert. Entwürfe der Fassade des Junkerhauses verweisen auf die planerische und gestalterische Beschäftigung Junkers mit seinem Haus.
Bei den Gouachen handelt es sich um Architektur-, Natur- und Landschaftsstudien. Häufig hat Junker Blätter wieder verwendet und übermalt, aber auch zerschnitten und zerrissen. Mitunter scheint das Übermalen ein bewusster Akt gewesen zu sein, wie bei einer Reihe von Architekturentwürfen, die er mit Landschafts- und Naturdarstellungen überformt hat.